Молекулярно-генетический анализ мутаций, химерных транскриптов и вариантов копийности в ключевых 52 генах связанных с развитием раковых опухолей методом секвенирования

Версия: Клинические протоколы МЗ РК - 2023 (Казахстан)

Злокачественное новообразование бронхов и легкого (C34), Злокачественное новообразование головного мозга (C71), Злокачественное новообразование других и неточно обозначенных локализаций (C76), Злокачественное новообразование желудка (C16), Злокачественное новообразование костей и суставных хрящей других и неуточненных локализаций (C41), Злокачественное новообразование молочной железы (C50), Злокачественное новообразование ободочной кишки (C18), Злокачественное новообразование печени и внутрипеченочных желчных протоков (C22), Злокачественное новообразование пищевода (C15), Злокачественное новообразование поджелудочной железы (C25), Злокачественное новообразование почки, кроме почечной лоханки (C64), Злокачественное новообразование предстательной железы (C61), Злокачественное новообразование прямой кишки (C20), Злокачественное новообразование пузыря (C67), Злокачественное новообразование ректосигмоидного соединения (C19), Злокачественное новообразование тела матки (C54), Злокачественное новообразование щитовидной железы (C73), Злокачественное новообразование яичника (C56), Мезотелиома (C45), Меланома и другие злокачественные новообразования кожи (C43-C44)
Генетика

Общая информация

Краткое описание


Одобрен
Объединенной комиссией по качеству медицинских услуг
Министерства здравоохранения Республики Казахстан
от «21» декабря 2023 года
Протокол №200

КЛИНИЧЕСКИЙ ПРОТОКОЛ МЕДИЦИНСКОГО ВМЕШАТЕЛЬСТВА
МОЛЕКУЛЯРНО-ГЕНЕТИЧЕСКИЙ АНАЛИЗ МУТАЦИЙ, ХИМЕРНЫХ ТРАНСКРИПТОВ И ВАРИАНТОВ КОПИЙНОСТИ В КЛЮЧЕВЫХ 52 ГЕНАХ СВЯЗАННЫХ С РАЗВИТИЕМ РАКОВЫХ ОПУХОЛЕЙ МЕТОДОМ СЕКВЕНИРОВАНИЯ

Молекулярно-генетический анализ мутаций, химерных транскриптов и вариантов копийности в ключевых 52 генах связанных с развитием раковых опухолей с использованием NGS технологии (таргетное секвенирование) позволяет одновременное обнаружение сотен вариантов по 52 генам, относящимся к солидным опухолям различной локализации. Это целенаправленный мульти-биомаркерный анализ, который позволяет обнаруживать горячие точки, SNV, инделы, CNV и слияния генов из ДНК и РНК в одном рабочем процессе [1, 4].

Вводная часть

Код(ы) МКБ-10:
Код
 Название
C67 Рак мочевого пузыря
C50 Рак молочной железы
С18-С20 Колоректальный рак
C15,C16
 Рак пищевода и желудка
C54 Рак эндометрия
C71 Глиобластома
C64 Рак почек
C22 Рак печени
C76
 Рак головы и шеи
C43-C44 Меланома
C45 Мезотелиома
C34 Немелкоклеточный и мелкоклеточный рак легкого
C41
 Остеосаркома
C56 Рак яичников
C25 Рак поджелудочной железы
C61 Рак простаты
C73 Рак щитовидной железы

Дата разработки протокола: 2022 год.

Сокращения, используемые в протоколе:
NGS – next generation sequencing
SBS – секвенирование методом синтеза
НИОКР – Научно-исследовательские и опытно-конструкторские работы
WES – секвенирование всего экзома
ВОЗ – Всемирная Организация Здравоохранения
FISH – Флуоресцентная гибридизация in situ
RT-PCR – ПЦР в реальном времени
CNV - Гены вариаций количества копий

Пользователи протокола: медицинские генетики, онкологи, гематологи, терапевты, педиатры, участковые врачи, врачи общей практики.

Категория пациентов: взрослые, дети.

Классификация


Клиническая классификация
 
Классификация генов [2,3]
Гены, анализируемые для выявления вариантов последовательности ДНК (Горячие точки) Гены вариаций количества копий (CNVs) Гибридные гены (fusion genes)
35 генов 19 генов 23 генов
ДНК РНК
AKT1 JAK1 ALK ABL1
ALK JAK2 AR ALK
AR JAK3 BRAF AKT3
BRAF KIT CCND1 AXL
CDK4 KRAS CDK4 BRAF
CTNNB1 MAP2K1 CDK6 EGFR
DDR2 MAP2K2 EGFR ERBB2
EGFR MET ERBB2 ERG
ERBB2 MTOR FGFR1 ETV1
ERBB3 NRAS FGFR2 ETV4
ERBB4 PDGFRA FGFR3 ETV5
ESR1 PIK3CA FGFR4 FGFR1
FGFR1 RAF1 KIT FGFR2
FGFR2 RET KRAS FGFR3
FGFR3 ROS1 MET MET
GNA11
SMO
 MYC NTRK1
GNAQ MYCN NTRK2
HRAS PDGFRA NTRK3
IDH1 PIK3CA PDGFRA
IDH2 PPARG
RAF1
RET
ROS1

Лечение


Методы, подходы и процедуры диагностики и лечения

Цель проведения процедуры и вмешательства:
Метод применяется для идентификации новых мутаций для поиска новых генетических аберраций и связанных с ними потенциальных терапевтических мишеней для различных локализаций опухоли, а также для тестирования соматических мутаций [5].

Показания и противопоказания к процедуре/ вмешательству
Показания к процедуре/ вмешательству:
 Пациенты, имеющие злокачественные новообразования (солидные опухоли).

Противопоказания к процедуре/вмешательству: нет.

Перечень основных и дополнительных диагностических мероприятий: нет.

Требования к проведению процедуры и вмешательства:
 Кратность применения: исследование проводится однократно, повторяется при клинической необходимости.
 Техника проведения: применение секвенирования нового поколения (NGS технологии).
 Критерии диагностики: наличие злокачественного новообразования.
 Чувствительность: высокочувствительный метод, который включает от 100 до 130 млн прочтений пар нуклеотидов.

Требования к соблюдению мер безопасности, санитарно-эпидемиологическому режиму:
 Меры безопасности и противоэпидемический режим согласно Санитарным правилам «Санитарно-эпидемиологические требования к объектам здравоохранения», утвержденным постановлением Правительства Республики Казахстан от 11 августа 2020 года № ҚР ДСМ-96/2020.

Требования к оснащению лаборатории
Процедурные кабинеты по проведению молекулярно генетического анализа мутаций должны быть оснащены следующим оборудованием:
 Автоматическая станция для выделения ДНК;
 Флуориметр;
 Центрифуга;
 Ламинарный шкаф;
 Проточный бактерицидный рециркулятор воздуха;
 Холодильник;
 Система количественной и цифровой ПЦР РТ в комплекте с роботом для подготовки чипов;
 Термоциклер;
 Вортекс плашечный;
 Универсальный вортекс;
 Бокс для стерильных работ;
 Секвенатор;
 Термоциклер;
 Морозильная камера;
 Система для автоматизированной подготовки микросфер с ДНК

Требования к расходным материалам, медикаментам:
 Материал для исследования: ткани опухоли, заключенные в парафиновый блок, фиксированный формалином (FFPE)
 Расходные материалы представлены в Таблице 1.

Требования к подготовке пациента:
 Не применимо, так как в лабораторию поступают ткани опухоли, заключенные в парафиновы й блок, фиксированный формалином (FFPE)

Методика проведения процедуры
 Данная процедура проводится в соответствии с утвержденными стандартными операционными процедурами организации и руководством по протоколу NGS используемой технологии.

I этап: Подготовка библиотеки*:
Подготовка библиотеки состоит из следующих шагов:
 выделение образца ДНК;
 ПЦР-амплификация ДНК;
- очистка библиотеки.
*«Библиотека» - для параллельного высокопроизводительного секвенирования ДНК должна быть специальным образом подготовлена. Её нужно «нарезать» на фрагменты определённой длины и прикрепить к каждому фрагменту особую метку, которая нужна для нескольких этапов непосредственного секвенирования в приборе и последующей обработки «сырых» данных.

II этап: Секвенирование:
Чтение каждой нуклеотидной последовательности ДНК в зависимости от характеристик генетического анализатора (секвенатора нового поколения – NGS).

III этап: Биоинформационный анализ:
Производится биоинформационный анализ полученных данных и лабораторная интерпретация полученных результатов.
Общая длительность проведения процедуры составляет 183 часа и проводится в несколько этапов.

Таблица 1. Этапы проведения процедуры NGS.
Наименование этапа
 Краткое описание Количество задействованнoго персонала Длительность Расходный материал
1.Преаналитический Выделение ДНК, РНК из парафиновых блоков, измерение концентрации полученных данных Лаборант/врач-генетик 6 часов
1.Набор для выделения ДНК,РНК
2.Пробирка типа -10 шт
3.Наконечники:
1000 мкл – 5 шт.
0-200 мкл – 10 шт.
0-10 мкл – 5 шт.
4.Наборы для измерения концентрации ДНК и РНК.
Приготовление библиотеки (работа с образцами) для панельного секвенирования Врач-генетик 48 часов
1.Набор для приготовления библиотеки
2.Пробирки с низкой адгезивностью - 10 шт
3.Пробирки 0-200 мкл – 40 шт.
500 мкл - 20 шт.
2 мл – 40 шт.
3.Наконечники:
1000 мкл – 96 шт.
0-200 мкл –96 шт.
0-10 мкл – 96 шт.
Перенос готовых библиотек на биочипы
Процесс секвенирования - считывания полученной информации с биочипа и перенос данных в программное обеспечение
 Врач-генетик 20 часов 1.Набор для приготовления библиотеки с помощью автоматической системы.
2.Набор для панельного секвенирования – 2 набора.
3.Наконечники:
0-200 мкл – 12 шт.
0-10 мкл – 12 шт.
2.Аналитический Биоинформационный анализ полученных данных, работа с базами данных, лабораторная интерпретация полученных результатов* Врач-генетик 4-5 дней Облачный сервис
3.Постаналитический Оформление и выдача результатов Врач-генетик 1 час -
*Клиническая интерпретация полученных данных производится отдельно врачом-генетиком на консультативном приеме

Индикаторы эффективности процедуры: Определение мутации для назначения таргетной терапии, соответствующей мутационному статусу опухоли.

Информация

Источники и литература

  1. Протоколы заседаний Объединенной комиссии по качеству медицинских услуг МЗ РК, 2023
    1. 1) Luthra, R., Chen, H., Roy-Chowdhuri, S., & Singh, R. R. (2015). Next-generation sequencing in clinical molecular diagnostics of cancer: advantages and challenges. Cancers, 7(4), 2023-2036. 2) Oncomine Focus Assay. Retrieved December 7, 2021. https://www.thermofisher.com/kz/en/home/clinical/preclinical-companion-diagnostic-development/oncomine-oncology/oncomine-focus-assay.html. 3) Lee, A., Lee, S., Jung, C., Park, G., Lee, K., & Choi, H. et al. (2018). Use of the Ion AmpliSeq Cancer Hotspot Panel in clinical molecular pathology laboratories for analysis of solid tumours: With emphasis on validation with relevant single molecular pathology tests and the Oncomine Focus Assay. Pathology - Research And Practice, 214(5), 713-719. https://doi.org/10.1016/j.prp.2018.03.009. 4) de Biase, D., Acquaviva, G., Visani, M., Sanza, V., Argento, C. M., De Leo, A., & Tallini, G. (2020). Molecular diagnostic of solid tumor using a next generation sequencing custom-designed multi-gene panel. Diagnostics, 10(4), 250. 5) Richards, S., Aziz, N., Bale, S., Bick, D., Das, S., & Gastier-Foster, J. et al. (2015). Standards and guidelines for the interpretation of sequence variants: a joint consensus recommendation of the American College of Medical Genetics and Genomics and the Association for Molecular Pathology. Genetics In Medicine, 17(5), 405-423. https://doi.org/10.1038/gim.2015.30. 6) User Guide: Oncomine™ Comprehensive Assay v3. (2021). https://www.thermofisher.com/order/catalog/product/A35805. 7) Williams, H., Walsh, K., Diamond, A., Oniscu, A., & Deans, Z. (2018). Validation of the Oncomine™ focus panel for next-generation sequencing of clinical tumour samples. Virchows Archiv, 473(4), 489-503. https://doi.org/10.1007/s00428-018-2411-4.

Информация


ОРГАНИЗАЦИОННЫЕ АСПЕКТЫ ПРОТОКОЛА

Список разработчиков протокола с указанием квалификационных данных:
1) Абильдинова Гульшара Жусуповна – доктор медицинских наук, профессор, врач-генетик высшей категории, руководитель лаборатории персонализированной геномной диагностики РГП «Больница Медицинского центра Управления делами Президента Республики Казахстан» на ПХВ;
2) Жабакова Жанна Маратовна – врач-генетик второй категории лаборатории персонализированной геномной диагностики РГП «Больница Медицинского центра Управления делами Президента Республики Казахстан» на ПХВ;
3) Боровикова Анна Викторовна – врач-генетик первой категории лаборатории персонализированной геномной диагностики РГП «Больница Медицинского центра Управления делами Президента Республики Казахстан» на ПХВ;
4) Шинтемирова Асель Асылбековна – врач-генетик второй категории лаборатории персонализированной геномной диагностики РГП «Больница Медицинского центра Управления делами Президента Республики Казахстан» на ПХВ;
5) Нурпеисова Алтын Алданышовна – клинический фармаколог, заведующая клинико-фармакологическим отделом РГП «Больница Медицинского центра Управления делами Президента Республики Казахстан» на ПХВ;
6) Авдеев Андрей Владиславович – доктор философии (PhD), руководитель отдела оценки технологий здравоохранения и стратегического развития РГП «Больница Медицинского центра Управления делами Президента Республики Казахстан» на ПХВ;
7) Ахметова Макпал Жапаровна – MPH, специалист отдела оценки технологий здравоохранения и стратегического развития РГП «Больница Медицинского центра Управления делами Президента Республики Казахстан» на ПХВ.

Указание на отсутствие конфликта интересов: нет.

Рецензент: Кайдарова Диляра Радиковна – доктор медицинских наук, профессор, академик Национальной академии наук Республики Казахстан, врач онколог высшей категории, главный внештатный онколог Министерства здравоохранения Республики Казахстан, президент Ассоциации онкологов Республики Казахстан, директор Казахского научно-исследовательского института онкологии и радиологии.

Указание условий пересмотра протокола: Пересмотр протокола через 5 лет после его опубликования и с даты его вступления в действие или при наличии новых методов с уровнем доказательности.

Прикреплённые файлы

1. ( Молекулярно-генетический_анализ.pdf ) читать/скачать файл

Внимание!

  • Занимаясь самолечением, вы можете нанести непоправимый вред своему здоровью.  
  • Информация, размещенная на сайте MedElement и в мобильных приложениях "MedElement (МедЭлемент)", "Lekar Pro", "Dariger Pro", "Заболевания: справочник терапевта", не может и не должна заменять очную консультацию врача. Обязательно обращайтесь в медицинские учреждения при наличии каких-либо заболеваний или беспокоящих вас симптомов.  
  • Выбор лекарственных средств и их дозировки, должен быть оговорен со специалистом. Только врач может назначить нужное лекарство и его дозировку с учетом заболевания и состояния организма больного.  
  • Сайт MedElement и мобильные приложения "MedElement (МедЭлемент)", "Lekar Pro", "Dariger Pro", "Заболевания: справочник терапевта" являются исключительно информационно-справочными ресурсами. Информация, размещенная на данном сайте, не должна использоваться для самовольного изменения предписаний врача.  
  • Редакция MedElement не несет ответственности за какой-либо ущерб здоровью или материальный ущерб, возникший в результате использования данного сайта.
На главную
Наверх